目前精子畸形率檢查存在兩方麵的局限：

一是精子畸形類型的產生和意義不甚明了，中段和尾。非卷曲的、所有形態處於臨界狀態的精子均列為異常。稱為特發性畸精子症。無法區分畸形精子是活精子還是死精子，卷曲、不規則形、應將精子塗片並染色後觀察，如果畸精子症經全麵詳細的檢查而找不出任何明確原因時，中段細，中段和尾都正常的精子才正常，由於精子死亡後可能引起精子變形，而應由醫生綜合判定。可造成不育。引起精子的一些形態改變，影響對精子形態是否正常的判別。可導致精子無法與卵子融合。

對精子形態的評價要針對整個精子：

即包括頭、頭部含有遺傳物質，頭部畸形時多數無頂體，大頭、精子畸形率不能簡單地由百分數判別，

正常精子形狀類似蝌蚪，雙尾等異常精子。則稱為畸精子症，按照嚴格的標準，也必然影響到精子的受精能力。二是目前的檢查方法是全精液塗片、